Patobionty to mikroorganizmy, które w zrównoważonym mikrobiomie żyją nieszkodliwie, ale stają się szkodliwe, gdy warunki się zmieniają. H. pylori, Clostridioides difficile oraz niektóre szczepy E. coli występują w niewielkich ilościach w wielu zdrowych jelitach, nie powodując problemów. Dysbioza wywołana antybiotykami, chorobą lub zmianą diety może umożliwić patobiontom gwałtowny przerost i wywołać schorzenia takie jak zapalenie jelita grubego wywołane przez C. difficile, SIBO oraz IBS.
