SIBO to stan, w którym bakterie zwykle utrzymywane na niskim poziomie w jelicie cienkim namnażają się i kolonizują miejsca, w których nie powinny występować. Jelito cienkie jest przede wszystkim strefą wchłaniania składników odżywczych, a nie komorą fermentacyjną. Przerost bakteryjny powoduje natychmiastowe wzdęcia po posiłku, ból brzucha, przewlekłą biegunkę lub zaparcia, niedobory składników odżywczych i zmęczenie. Szacuje się, że SIBO dotyka nawet 78% pacjentów z IBS i jest często błędnie diagnozowane jako samo IBS.