Ksenobiotyki to obce substancje chemiczne - leki, pestycydy, dodatki do żywności i zanieczyszczenia środowiskowe - które mogą znacząco zmieniać mikrobiom jelitowy. Inhibitory pompy protonowej istotnie obniżają różnorodność mikrobiomu. Wykazano, że sztuczne słodziki zaburzają regulację stężenia glukozy we krwi poprzez zmiany w mikrobiomie. Świadomość ksenobiotyków to niedoceniany wymiar zdrowia jelit i jeden z powodów, dla których diety wysoko przetworzone są szczególnie szkodliwe dla mikrobiomu.
